Independientemente del tipo de máquina que se utilice, las instrucciones se proporcionan normalmente de dos formas: 1) mediante la entrada manual de datos (MDI, por sus siglas en inglés) con una interfaz humana integrada en la máquina CNC, o 2) mediante la producción de un archivo digital con el software CAM (fabricación asistida por ordenador) sin conexión.
En los últimos años, se ha producido un aumento sustancial en la complejidad de las piezas. Esto, combinado con la presión creciente por mejorar la calidad de las piezas y aumentar la efectividad general de las operaciones (OOE, por sus siglas en inglés), ha provocado que la mayoría de los fabricantes abandonen la programación manual (MDI) de CNC e inviertan en software CAM.
El software CAM, como Autodesk Fusion 360, se utiliza para crear un archivo digital (programa CN) que contiene las instrucciones necesarias para controlar el funcionamiento de la máquina. El software CAM se utiliza para definir todo el proceso de mecanizado y, a menudo, utiliza un gemelo digital de la máquina, las herramientas de corte y los dispositivos de sujeción de piezas. Esta programación "sin conexión" permite desarrollar el proceso de mecanizado fuera de la máquina física, lo que significa que los problemas se pueden simular y evitar mucho antes de que se produzcan en la máquina real. El uso del software CAM ayuda en gran medida a los fabricantes a utilizar mejor la maquinaria CNC y a evitar los costosos tiempos de inactividad de la máquina que se producirían al introducir datos innecesarios.