Les logiciels de FAO présentent plusieurs avantages par rapport au code manuscrit ou à la programmation conversationnelle (à la commande). Tout d’abord, des trajectoires d’outil complexes qui ne peuvent pas être écrites manuellement peuvent être créées à l’aide d’un logiciel de FAO. C’est notamment le cas des mouvements d’outil complexes, que l’on trouve dans les trajectoires d’outil d’ébauche à haut rendement qui exploitent de puissants algorithmes de calcul, ou bien des mouvements d’outil complexes créés à partir de géométries de pièces complexes. Les logiciels de FAO tels qu’Autodesk Fusion sont associés au modèle de CAO, de sorte que les modifications apportées au modèle mettent automatiquement à jour la trajectoire d’outil, ce qui permet de gagner du temps et de réduire le nombre de retouches. Avec la FAO, il est également possible de créer des programmes pendant l’exécution d’une tâche sur la machine afin d’augmenter la productivité globale.